A legenda Padova születését az antik történetek egyik leghíresebbjére, a trójai háborúra vezeti vissza: mialatt Odüsszeusz és Aineiasz a tengeren tévelyegtek, addig a hős Antenor, egy trójai túlélő megalapította a várost.
A valóságban Padova eredetileg szegény halászfalu volt. A Brenta folyó mentén alakult ki a 10. században, első ismert neve Patavium. A római időkben neves gazdasági centrummá gyarapodott. Majd 620-ban a lombardiai Agiluf király foglalta el, csak több év után sikerült megmenekülni uralma alól. 1000 után sikerült visszanyernie hírnevét, szabad városállamként részt vállalt Rőt szakállú Frigyes háborúiban.
Már a 13. században létrejött a Padovai Egyetem, egyik elsőként Európában. A várost falakkal vették körül. 1337-ben a Scaligerik rövid uralma után a Da Carra nemesi család vette át a hatalmat. 1405 -- ben a város elveszítette függetlenségét, és Velence hatalmába került. 1508 -- ban itt született Palladio neves építész. 1509-ben Maximilian császár foglalta el. A 17. században itt tanított Galileo Galilei. A Velencei Köztársaság bukása után rövid ideig francia uralom alatt állt, majd a Habsburg Császársághoz tartozott. 1866 óta Olaszország része. 1919-ben bevezették a nevezetes nemzetközi vásárokat számos kiállítással minden év júliusában.
A XIII. században épült a város védőszentjének temploma, a Szent Antal bazilika.
Szent Antalt már életében is nagyon tisztelték az emberek, úgy hívták: A Szent. A bazilikát az ő tiszteletére építette a város. Földi maradványait először Padova külvárosában temették el, majd amikor elkészült a bazilika, ünnepség keretében áthelyezték ide. Bagnoregiói Bonaventum atya, aki ekkor a rend generálisa volt, azt parancsolta, hogy nyissák ki a koporsót. Ekkor fedezte fel, hogy az eltelt idő (32 év) alatt a Szent nyelve csaknem épségében megmaradt. Azóta külön őrzik egy értékes ereklyetartóban. Majdnem 100 évvel később újra felnyitották a koporsót, akkor pedig az állcsontját tették át egy másik ereklyetartóba. Létezik egy monda, mely szerint, ha valaki megérinti a Szentet és kíván valamit, annak teljesülni fog a kívánsága.
Van egy gyönyörű szoborpark a városban, a Prato della Vallé. Korábban itt egy római színház volt, azután alakították ki ezt az ovális alakú teret, ami jelenleg 82 szobrot tartalmaz. Olyan személyek szobrait, akik valamilyen formában kötődtek a városhoz. Magyar vonatkozású érdekessége, hogy Báthori István szobrát is megtaláljuk itt, aki Padovában tanult.